FileZilla Server – võimas FTP-server koos täiustatud funktsioonide komplektiga. Tarkvara koosneb serverist, mis toimib serveriteenust toetava süsteemiteenuse ja rakendusega, mis haldab seda serverit. FileZilla Server toetab RTP-, SFTP-ja FTPS-protokolle ning pakub SSL-i krüpteerimise tõttu usaldusväärset andmekaitse taset. FileZilla Server võimaldab teil piirata kasutaja juurdepääsu serverile, blokeerida allalaadimised serveritest või sisemisi IP-aadresse, reguleerida edastatud failide tihendussuhet, piirata maksimaalset allalaadimiskiirust jne. FileZilla Server kogub FTP-i tegevuse statistikat-server reaalajas, mis võimaldab tuvastada faile failide allalaadimist või ebaseaduslike toimingutega tegelevaid kasutajaid.